El 13 de diciembre del 2001, con un capital social de 6,700 Lempiras, surge Café Orgánico Marcala S.A. (COMSA), con la visión de crear oportunidades de desarrollo y nuevas, alternativas para agricultores de café en pequeña escala de la región de Marcala, en el Departamento de la Paz (Honduras). 

Luis Rodolfo Peñalba, fundador y Gerente General de COMSA, reunió originalmente a 61 pequeños productores (entre ellos 12 mujeres y 49 hombres), que estaban interesados en vender su café colectivamente bajo el paraguas de una fundación de desarrollo rural (FUNDER). En ese momento, el sistema de producción predominante en la región eran practicas convencionales (el uso de insumos sintéticos, como fertilizantes químicos, plaguicidas, y organismos modificados genéticamente) y vendían en los mercados locales a precios que ni siquiera cubrían los costos de producción de los agricultores. 

Uno de los principales objetivos de los socios fundadores de COMSA, fue buscar y promover nuevas formas de pensar, tanto en la producción, pasando de la producción convencional a la orgánica, como en los mercados, pasando de los compradores comerciales a los especializados. 

Al principio los desafíos fueron enormes, ya que la transición de las prácticas convencionales a las orgánicas puede causar caídas dramáticas en los rendimientos de producción. Muchos miembros se desanimaron y abandonaron la empresa. En respuesta, la Gerencia busco nuevos métodos con orgánicos intensivos para apoyar a su transición y estableció́ una alianza estratégica con la Corporación Educativa para el Desarrollo Costarricense (CEDECO). Con el apoyo de CEDECO, los miembros de COMSA, aprendieron nuevas e innovadoras prácticas para transformar sus tierras en fincas orgánicas integradas, promoviendo la conservación del suelo y el agua, y la preservación de la flora y la fauna local. Con sus éxitos iniciales, los miembros se abrieron cada vez más a la experimentación de practicas orgánicas innovadoras. 

Desde su creación, COMSA, ha desarrollado su propio enfoque de agricultura orgánica, desarrollando en el transcurso del tiempo las 5M: en 2001 – incorporá el uso de materia orgánica; en el 2006 – aplicación de microorganismos en el compost; 2010 – exploración del uso de minerales; 2012 – producción de moléculas vivas fermentadas; 2013 – fortalecimiento de la materia gris (desarrollo de la mente) comenzando con el equipo técnico, y un fuerte programa educativo con sus grupos de jóvenes y mujeres. 

Hoy en día, sus principales socios siguen demostrando efectivas prácticas orgánicas regenerativas que están mejorando la productividad y protegiendo sus plantas de enfermedades comunes. Mientras tanto, los socios comenzaron a obtener mejoras en los rendimientos, mejores relaciones familiares y un rápido crecimiento de los miembros de COMSA. 

En la primera Asamblea de Socios, se eligió al primer presidente de COMSA, el Señor Rigoberto Hernández Villatoro, quién renunció el siguiente año porque su incursión en la política lo obligó y en sustitución entró el Sr. David Chávez que desde entonces ha sido el presidente de COMSA. Su estilo de vida, la manera que genera sostenibilidad a su familia, sus horas de trabajo dedicado incasablemente al rubro del café y otros, es un modelo de vida que ha sido y seguirá́ siendo una inspiración para los socios. Se destaca que, desde los inicios, David Chávez, contó con un aliado especial y consejero el Sr. Mario Enrique Pérez, quienes han sido los que han marcado el camino en COMSA. 

Una vez constituidos se consiguió un financiamiento para la compra de la primera despulpadora con lavadora, permitiendo colocarla, en un espacio atrás de la casa de David Chávez y el secado se hacia en COMARCA, que todavía funcionaba, fue así como comenzó la exportación de los primeros lotes a: Benecke y Hacofco (Alemania). 

En el 2003, se compró el primer terreno en la Victoria, Marcala, bajo la administración de Sr. Edgardo Argueta, que fungió como tal, durante varios años, también él construyó los primeros patios y un muro que lamentablemente con las lluvias colapsó. En el 2005 se construyeron los muros en la parte de arriba los que todavía están de pie. Después de 4 temporadas se pasó la entrega del café al beneficio de la Victoria, con el apoyo del de Proacta (proyecto de la Comunidad Europea, que impulsaba con equipo e infraestructura las iniciativas empresariales de pequeñas empresas) y que fue ejecutado por FUNDER. 

La gestión de mercado vio estratégico entrar al mercado del Comercio Justo (FLO), se hizo la solicitud y fue negado por que se creyó que COMSA era una fundación por su alianza con FUNDER. Sin embargo, dos años después se volvió aplicar como sociedad anónima democrática. 

Se constituye el Sistema Interno de Control, bajo la coordinación por muchos años de Enrique Mario Pérez. En septiembre del 2009, se logró ingresar al Sistema FairTrade, comenzando las primeras exportaciones coordinadas por la Señora Maritza Midence a Royal Coffee y a Green Mountain a través de Sustainable Harvest, además, de Benecke, Hacofco, Ethiquable, este ultimo comenzaba su crecimiento en el mercado, al igual que COMSA. 

En el 2010, se comienza el apoyo a los socios, con asesoría técnica y transición a  la agricultura orgánica, y en la medida que los socios ingresaban a la sociedad, la demanda de asesoría técnica incrementó. En el año 2012 se contrata a 4 técnicos y se forma la Unidad Técnica de Transferencia y Tecnología, al mismo tiempo se compra un terreno de 108 manzanas, ubicado en Sigamane, Marcala, en la que se le daría vida a Finca Biodinámica La Fortaleza.

La finca comienza a cumplir con el objetivo de demostrar y empoderar a los socios con la propuesta de vida de COMSA, basada en ese tiempo en las 3 M, y La Finca Humana, produciendo todas las biotecnologías orgánicas solidas y liquidas que inicialmente se estaban desarrollando en un rincón o galera en abandono que le denominamos el rincón revolucionario del saber. En Finca Biodinámica la Fortaleza, se consolida la propuesta de las 5 M: Microbiología, Materia Orgánica, Minerales, Moléculas Vivas y la Materia Gris.

Finca Biodinámica la Fortaleza, ahora se ha convertido en una estructura de conocimiento como de negocio con la venta de bioles, biofermentos, caldos, abono y toda la propuesta nutricional que ofrece COMSA para las producción orgánica, permitiendo la mejora continúa en las buenas practicas de campo y el correcto mantenimiento de los cafetales y otros cultivos. Este mismo año en el beneficio húmedo revolucionó con la implementación de secadoras solares modificadas de varios niveles, mismas que han sido implementados por productores de café de muchas regiones del país ya que permite el aprovechamiento del sol. 

En el 2011, se construyó una bodega en el Beneficio Húmedo, con 2,100 metros de piso y 9 metros de alto, con capacidad de almacenar 80 mil sacos de  café.

A finales del 2011, COMSA, a través un préstamo compra beneficio seco en Chinacla. Las exportaciones por muchos años se prepararon en CATRIL, y en un principio 200 mujeres apoyan en el proceso de escoger el café, (en el momento se creía que era un gran impacto apoyarlas, ya que gracias a este trabajo mejoraron sus casas, finalizaron estudios algunos o sus hijos  y se capacitaron otras). A finales de ese mismo año se construye un pequeño laboratorio de Catación para el control de calidad. Después de varias gestiones se logró la Licencia de Exportación en el 2012. 

En el año 2012, se crea BANCOMSA, para el financiamiento de la reactivación, renovación y apoyo a la transformación de las fincas de los socios. 

En el 2013, alquilar una maquina electrónica en el beneficio seco y un año más tarde a comprar no una si no tres maquinas, con su respectivo taller de mantenimiento, logrando una eficiencia mayor en el trabajo. 

A mediados del año 2013, Finca Biodinámica La Fortaleza, puso en marcha el Diplomado de Agricultura Orgánica, un programa de capacitación intensiva de una semana de duración que, además de enseñar técnicas innovadoras para la producción, ayuda a ampliar las perspectivas de los productores sobre la administración financiera, la relación entre su trabajo, el ecosistema y la alimentación saludable a ambos lados de la cadena de suministro. 

En el 2014, el primer año de experiencia en donde se comenzó el aprendizaje en el área de exportaciones, ya que seguimos todo el proceso desde la preparación del producto hasta el traslado a los puertos, con el préstamo de contenedores de las navieras, el transporte es fue y es más efectivo y seguro. 

El Comité Interno de Control, logró en un período record en el 2014, Certificaciones diversas. COMSA, fue la primera empresa de obtener el sello de SPP, Manos de Mujer, UTZ, C.A.F.E. Practices, BirdFriendly y la Certificación Denominación de Origen de Marcala. La certificación avala la forma en la que el café ha sido producido, tomando en cuenta uno o más aspectos de la sostenibilidad (económico, ambiental y social). Ese mismo año, en el mes de septiembre, se instala la oficina de Recursos Humanos.  

El laboratorio de Cromatografía, se instala en el año 2015, en Finca Biodinámica La Fortaleza, para el estudio de los suelos de las fincas de los productores y con los resultados aplicar las enmiendas requeridas. 

A finales de ese mismo año en la Asamblea General del año 2015, se adopta la educación formal e informal como una de sus prioridades, es así como nace el Comité de Educación, y nacen los programas de Genios con Amor, Educación al aire libre, IHER COMSA, becas para estudiantes con un buen índice académico en los Centros Educativos públicos. 

El Consejo de administración junto al Comité de Educación, hace una inversión fuerte para el rescate de un Centro Educativo (ubicado en La Victoria, Marcala). En el año 2016, nace COMSA International School (CIS), en el que se comenzara a implementar el Modelo Educativo que propone COMSA, y que esta basado en la filosofía de Glenn Doman. En el año 2017, se inaugura un moderno Centros de Estimulación Temprana para trabajar con niños de 3 meses a cinco años de edad.

Ese mismo año, el Comité de Educación, complementa el Centro Educativo de COMSA, con los laboratorios de Informática, química y física, una aula para las clases de Matemáticas y el Salón de Servicios Múltiple. 

En el 2017, COMSA, construye la base de lo que será el programa de gestión de desechos solidos, y se invierte en su equipamiento, y se comienza a realizar el proceso de educación con los niños y niñas de los centros educativos de Marcala, que luego se extendería a más de 20 centros educativos de la zona de influencia de COMSA.

En la búsqueda de asegurar la calidad del café que se comprá y prepara para exportación, en el 2017, se construyen los laboratorios de Catación en el beneficio seco y en el beneficio húmedo. Y como una preparación para mejorar el almacenamiento del café́ clasificado por lotes, inicia la construcción de la bodega de almacenaje en el beneficio húmedo, con capacidad para almacenar 120 mil sacos de café, paralelamente se hacen mejoras en maquinaria para la preparación de microlotes. 

En el 2018, se construyó la Tostaduría de Café, comienza la producción y venta de café tostado, impulsando las marcas de Genius Coffee, superior a los 88 puntos en taza; Café COMSA, con un perfil en taza de 85 puntos; Montaña Negra, con un perfil en taza de 82 puntos.

En el 2019, se invierte esfuerzos para la estructuración de FUNDACOMSA, organización no gubernamental de desarrollo, como asociación civil, independiente de los gobiernos locales, de carácter privado y de interés publico, apolítica, sin fines de lucro, cuyos objetivos contribuyen al desarrollo humanitario e integral de la población, misma que será́ la administradora de todos los proyectos de inversión social que como proyección de la empresa y gestión de la misma puedan gestionarse y desarrollarse.